蒙古东征！军队用黑死病者尸首攻城
在中亚草原地区曾发生了一场非常严重的旱灾。在各种因素的综合作用下，该地区爆发局部性的瘟疫，称为黑死病，蒙古帝国则用这次瘟疫进行了大规模的进攻。
在辽代，契丹人占领了草原，在中国的原来领土上，也据有今日内蒙古南部和山西、河北北部；整体言之，契丹人活动方向，主要在草原上继续扩张，据有的中国领土部分，只是契丹帝国的一部分。宋、辽之间，虽然敌对，却因为双方僵持，实际上是一个停滞的对峙。宋国只是同时几个国家中之一，然而在中国自己本土，宋人确实是一个以中国人治理中国的朝代。
女真从东北崛起，挑战契丹，并没有得到契丹全部的领土和*范围。在中国部分，女真的金代，统治了秦岭、淮河线以北的部分，中国的大部分领土，还是在南宋的治理之下。此前已经说过，辽、金在中国领土上的发展，是半殖民状态，他们从中国取得资源，有助于建立草原帝国，但并不是他们唯一的领土；他们发展方向，依旧是在广阔的草原上，中国的部分领土，只不过是他们领土之中的一部分。老家是基地，征服的汉地是新获的领土：中国与草原帝国，重叠而不相同。
“元”是一个征服王朝
关于成吉思汗建立的蒙古帝国与中国的关系，萧启庆认为，这是一个征服王朝，并不是中国的朝代。他的意见是对的。成吉思汗建立的庞大帝国，东到东北亚、西到中亚和部分的中东，南到印度半岛的大部分。蒙古大汗，是由若干封建的汗国，共同推举，作为共主。最初，成吉思汗的几个大儿子们，各自领有土地，称为四大汗国。中国部分，和蒙古草原东半边的老基地，所谓“腹里”，按照蒙古习惯，则由看家的小儿子拖雷管理。除了五个领地外，还有一些分封的小汗国，而且原来的四大汗国，经过两、三代，分分合合，也有许多变化。蒙古大汗国的各个部分，都逐渐和分封地的原有居民逐渐融合，接受了他们的文化，也容纳了地方的精英。在这一个多元、共存大集团中，中国虽然已经全部被蒙古征服，然而，只不过是蒙古大汗国中的五分之一，甚至只是较小的部分。
拖雷系统里有中国和“腹里”，其实并没有获得当家家长的地位。屡次选举大汗，常常是其他系统的汗，得到大汗的地位。忽必烈曾经和西方诸汗国争夺汗位，他并没有经过合法的推举，就自称为大汗；因此，西方诸汗国，共同抵制忽必烈，忽必烈的号令，不能行于自己领土之外。他与西部海都大王之间的争执，十分激烈；海都据有今日*一带的领土，恰好挡住了蒙古大帝国东方领土与西方领土的交通。
元世祖忽必烈
忽必烈在中国建立元代，等于是自成格局，在他治下的汉地部分，可以称为“中国”，他的朝代，可以是中国列朝的一部分。朱元璋建立明代，在中国历史上，元代终结了。但是蒙古人在旧日“腹里”，并没有被中国人取代。后元或是北元，继续存在。明代的中国，与蒙古之间建立了从东到西的边墙，这就是万里长城。许多人以为，这一条长城，就是秦始皇时代建立的边塞，其实，明长城划下的边界线，比较秦汉的边界，更向南收缩。
假如我们将大蒙古帝国，与忽必烈以后的元代分别处理，则蒙古征服的大部分地区，其历史不在中国进行。中国人不能将蒙古人征服的后果，揽为己有；也不必将忽必烈以后的元代，当作中国以外的历史。
元代的“二元”统治
元代统治中国，有相当部分，承袭了辽、金统治北方的方式。虽然，最初他们曾经打算将整个中国转变为广大的牧地；后来知道，中国的大部分地区的自然环境，并不适于放牧，他们才搁下这个政策。元代的*，终于逐渐倾向于两元的统治，一方面有不同来源的“签军（探马策军）”驻防在中国，以维持征服者的控制；另一方面，延续中国人传统的州县*，相当程度地接受汉法，统治中国。这种二元制度，在辽、金也都执行过，只是元代中国，在南宋灭亡后，整个的中国疆域，都处于这一“二元”*之下。
先说元代的中国人口结构。金代的政策，曾经将大量的汉人人口，迁往东北地区，女真的老家，补足他们男丁在外征战的劳力不足。女真的战士，以猛安、谋克驻防制度，在中国各地戍守；那些万户府辖下的女真和草原来的人口，相对于前面所说，移往东北的汉人，等于是内、外人口的交换。元代的中国，也有大量的“签军”，有的来自草原，有的来自西域，甚至有的来自今日中东地区的当地人口。例如，最近乌克兰附近的克里米亚事件，当时那里的人口，就有一部分签发戍守在元代的首都附近，称为“阿速卫”。今日云南，还有许多信仰*的*，他们也是从中东近东，进入中国的“签军”后代。
族群同化，也是改变人口结构的情况之一。辽、金时代，就有许多汉人的地方武力，不属于中国管辖，自成*；辽、金收编这些武装力量，给予“公”“元帅”等封号。元代承继这一传统，单单以河北、山东，真定至东平之间，就有十余家汉军“元帅”，他们长期与征服者合作；只要征服者不进入他们的地区，他们也愿意跟随征服者参加南征的任务。这些胡化的汉人，处于胡、汉之间，乃是人口中归属模糊的另一类。
除了因为政治因素移动的人口，还有蒙古与中亚、中东之间，因为贸易，波斯人、阿拉伯人、犹太人，（中国通称为“胡商”）大量地移入中国。今日南方的通商口岸，扬州、泉州、广州，都有一些家族是这些胡商的后代。经过同样的通商路线，许多汉人也因为贸易，进入东南亚，甚至于越过马六甲，进入印度洋。明初郑和下西洋，所经各地，几乎都有中国人小区；他们不是在明代才开始迁移；那些早期的移民，可能是在元代就纷纷移入广大的海洋地区。
战争带来人口分布状况剧变
女真和蒙古的征服过程，不仅战争中有大量军人的死亡，一般平民也死伤不少。成吉思汗征服过程，比女真时代杀戮更多。他崛起之初，兼并草原上的其他族群，倒是杀的少、收编的多，这才使得他的部落军不断扩大。但多次西征，以及南向征服中国的过程，却是不断地杀戮。蒙古铁骑，以杀立威；如果一个城市久攻不下，在破城之后，接着就是屠城。花剌子模破城时，死者数十万。在蒙古征服的战争中，大小城市被*尽净的，不下二三十个。战争带来的混乱，以及疾病和饥饿，又会造成大量的死亡。因此，单单以战争本身而说，女真和蒙古的扩张，死亡不会少于千万之数。
蒙古扩张的时代，恰巧是欧洲发生黑死病的时代。在欧洲，黑死病延续了三百年之久，造成欧洲人口减少三分之一以上。蒙古军的长征与戍守，各种大量军人移动，将黑死病带到中国北方的草原和中国本部。蒙古军队攻城，据说曾经将病死者尸首，用抛石器，投入围困的城市，造成城内的大量死亡。两军交锋时，伤者、死者的病菌，常使交战的双方军队，同时感疫。
这三百年的大瘟疫，在人口密度较高之处造成大量死亡。后来，因为蒙古大帝国，与东方的交通，不论陆路还是海运，都比较顺畅，疾病又经过海道和商路，扩散蔓延。经过辽、金、元三个时代，至少有三次，中国北方不断的战乱，逼迫许多中原和北方的人口，逐步移向南方。以变化最激烈的靖康年代，以及后来的南宋，一百多年来，南方人口增加数字，不只二三倍；淮河以北的人口，即使加上征服者迁移进来的族群，总人口和南方相比，大概只有南方的三分之一左右。
人口中心的转移，在辽、金、元时代，造成了南方一面倒的情势，南方人口密度远高于北方。这些内部迁移的汉人，也使人口结构，呈现完全不同的形态。如前所述，北宋极盛时，人口大概已经超过一亿，在忽必烈征服南宋时，南宋人口可能只有七八千万，北方则不过二三千万而已，南北比差，从此不再逆转。中国南北人口成分经过这一次混合，再加上新人口的进入，造成了与过去完全不一样的人口结构。如果调查人类基因，重建中国人口南北差别，必须理解，凡此差异，乃是这次人口大规模移徙的基础上，造成基因分布状况的剧烈变化。
黑死病所造成的恐怖是无法想象的，经过这一场瘟疫战争，死者无数。总的数字，无法计算。只是从总人口数字上来看，将宋、明人口，以及同时代本来属于辽、金、蒙古地区的人口，前后比较，北宋总人口最多时，加上契丹人口，总数已经超过一亿。